Η Έλλη Μιχελουδάκη απεβίωσε στις 5/8/1991. Με την ιδιόγραφη διαθήκη της που συνέταξε στην Αθήνα στις 10/6/1985, κληροδότησε στο Πανεπιστήμιο Αθηνών 4 διαμερίσματα στην Αθήνα:
Η χορήγηση υποτροφιών, μετά από διαγωνισμό, σε άπορους και εν γένει οικονομικά ασθενείς φοιτητές όλων των Σχολών και των Τμημάτων που κατάγονται από τον Νομό Ρεθύμνου.